Christophe Jaffrelot est directeur de recherche au CNRS, professeur invité à King's College (Londres) et Global Scholar à Princeton University. Il a dirigé le CERI de 2000 à 2008. Il est diplômé de Sciences Po (1985), de l'université Paris 1 Sorbonne (maitrise d'histoire), de l'EHESS (DEA Histoire et civilisations) et de l'Institut national des langues et civilisations orientales (DULCO de hindi). Il a obtenu un doctorat en science politique et l'habilitation à diriger des recherches à Sciences Po en 1991, année où il est devenu chargé de recherche au CNRS. Il a obtenu la médaille de bronze du CNRS en 1993 et est devenu directeur de recherche en 2002. Il dirige la collection d’ouvrages de Sciences Po, Comparative Politics and International Studies chez Hurst (Londres) et Oxford University Press (New York).
Rédacteur en chef de la revue Critique internationale de 1998 à 2003, il en a été le directeur de 2003 à 2008. Il préside le Conseil scientifique des UMIFRE (MAE-CNRS) d'Asie, participe aux conseils scientifiques du Südasien Institut de Heidelberg, du ZMO à Berlin et du CeMIS de Göttingen. Il est membre des comités éditoriaux de plusieurs revues (dont Nations and Nationalism et International Political Sociology) ainsi que de The Online Encyclopaedia of Mass Violence.
Il est consultant permanent au Centre d'analyse, de prospective et de stratégie du Quai d'Orsay et Nonresident Scholar à la Carnegie Endowment for International Peace (Washington DC). Il est devenu président de la section 40 du CNRS en 2012.
Il anime également, avec Joseph Maïla, un groupe de travail La diplomatie des pays émergents ou comment (ren)contrer l'Occident qui analyse les politiques étrangères et les corps diplomatiques de l'Afrique du Sud, du Brésil, de l'Inde et de la Turquie, puissances émergentes qui s'affirment de plus en plus sur la scène internationale.