Jean-Philippe Béja est diplômé de Sciences Po et du Centre de formation des journalistes (CFJ). Il est titulaire d’une maîtrise de chinois de l’université Paris 7 et d’un doctorat d’Etudes extrême orientales de l’Ecole pratique des hautes études(6e Section). Il est également titulaire d’un diplôme de littérature chinoise moderne de l’université du Liaoning(Chine).
Il est entré au CNRS et au CERI-Sciences Po en 1975. Co-fondateur de China Perspectives, il a passé huit ans au Centre d’études français sur la Chine contemporaine à Hong Kong et Pékin.
Il dirige des theses à Sciences Po.
Conseiller de l’Institut de sinologie de Lisbonne (Instituto de Sinologia), il est membre des comités éditoriaux de Perspectives chinoises/China Perspectives, East Asia: An International Journal (New Jersey), The Journal of Contemporary China et de Chinese Cross Currents (Macau).

Il dirige des universités d’été à l'Ecole polytechnique de Lausanne